På Det Naturvidenskabelige Fakultet er der en række råd, nævn og udvalg, hvis formål er at rådgive ledelsen samt sikre medbestemmelse og medinddragelse vedrørende videnskabelige, tekniske og administrative forhold.
Fakultetets aftagerpaneler bidrager til at sikre uddannelsernes kvalitet og relevans for samfundet. Fakultetet inddrager aftagerpanelerne ved udvikling af nye og eksisterende uddannelser samt ved udvikling af nye undervisnings- og prøveformer.
Akademisk Råd bidrager til at sikre medbestemmelse og medinddragelse om akademiske forhold. Rådet kan udtale sig om alle akademiske forhold, der har væsentlig betydning for universitetets virke.
Fakultetets arbejdsmiljøudvalg (FAMU) understøtter SDU's Hovedarbejdsmiljøudvalg i planlægning, ledelse og koordinering af arbejdsmiljøarbejdet på Det Naturvidenskabelige Fakultet.
Fakultetets ligestillingsudvalg har som overordnet formål at understøtte universitetets mål om at øge andelen af fastansatte kvindelige forskere, så kønssammensætningen blandt det videnskabelige personale i højere grad kommer til at afspejle det omgivende samfund.
Fakultetets ph.d.-udvalg bidrager til at sikre de ph.d.-studerendes og de videnskabelige medarbejderes indflydelse på den naturvidenskabelige ph.d.-uddannelse.
Fakultetets samarbejdsudvalg bidrager til at udvikle samarbejdet mellem medarbejderne og ledelsen om arbejds- og personaleforhold, der hører under ledelsesretten. I samarbejdsudvalget skal ledelses- og medarbejderrepræsentanter informere hinanden om og drøfte fakultetets økonomiske situation, personaleforhold og andre beslutninger, der kan føre til betydelige ændringer i arbejdets tilrettelæggelse eller medarbejdernes ansættelsesforhold.
Studienævnene bidrager til at sikre de studerendes og de videnskabelige medarbejderes medbestemmelse på og medinddragelse i uddannelses- og undervisningsrelaterede spørgsmål.
Fakultetets uddannelsesudvalg har som overordnet formål at rådgive fakultetets ledelse i uddannelsesmæssige spørgsmål. Udvalget fungerer som bindeled mellem fakultetsledelsen og de naturvidenskabelige institutter, studienævn og studieledere.