Ud over laboratoriefaciliteter og feltudstyr på campus råder Biologisk Institut over Marinbiologisk Forskningscenter og Svanninge Bjerge Forskningsstation, begge med tør- og vådlaboratorier, samt nem adgang til en række akvatiske og terrestriske feltlokaliteter.
Marinbiologisk Forskningscenter er beliggende på Nordfyn ved mundingen til Kerteminde Fjord over for fiskerihavnen, kun 100 meter fra busstationen. Magnus Wahlberg er daglig leder af forskningscentret, hvis integration med Fjord & Bælt muliggør adfærdsstudier baseret på træning af havfugle og havpattedyr. Eksempelvis psykofysiske høremålinger som hjælper vores forskere med at undersøge hvordan dyrene påvirkes af menneskeskabt støj i naturen.
Vores forskningsstation på Sydfyn lige nord for Faaborg ligger midt i det fantastiske naturområde Svanninge Bjerge. Området, der er optaget i den danske Naturkanon, ejes af Bikubenfonden, der ligeledes har en afdeling på stedet. Udover undervisnings- forsknings- og mødefaciliteter med kapacitet på 80 personer, rummer forskningsstationen køkken- og overnatningsfaciliteter for op til 36 gæster. Bestande af hasselmus, smågnavere og småfugle i Svanninge Bjerge overvåges gennem projekter ledet af Thomas Bjørneboe Berg, der udover at være ekstern lektor på Biologisk Institut også er seniorforsker på Naturama i Svendborg. Området danner gode rammer for studier, eksempelvis bachelor- og specialeprojekter, med fokus på populationsøkologi, biodiversitet og naturformidling.